About Us

Our Mission

The western France e-Science center is funded by INRIA and Brittany region with a mission to propose innovant services for research project management, scientific collaboration, data management and analysis. Our goal: enhance accessibility, reproducibility, transparency and efficiency of research processes.

What is CeSGO?

This web site is a resource for research, education and collaboration in your science area. It hosts various resources which will help you learn about your science area, including Seminars, Courses, Teaching Materials, and more. These resources come from contributors in our scientific community, and are used by visitors from all over the world.

Most importantly, CeSGO HUB represents a gate towards analysis Tools which you can access from your web browser, so you can not only learn about but also simulate your science area.

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Présentation des fonctionnalités de CeSGO

Sur le hub CeSGO, on peut principalement créer des groupes, des projets, et partager des ressources.

-Les groupes sont des espaces permettant de regrouper différents partenaires ayant un objectif commun. Cela peut être un groupe dédié à un laboratoire, à une équipe, à un groupe de travail, à des aspects techniques particuliers, à une catégorie de personnes (par exemple un groupe dédié à l'enseignement à l'université de Rennes 1).... Il s'agit souvent du premier élément à créer. Ensuite, le créateur du groupe, automatiquement manager de ce dernier, peut inviter différents collaborateurs à le rejoindre, et peut attribué à chacun des collaborateurs la possibilité d'être également administrateur de ce groupe (l'administrateur d'un groupe peut notamment ajouter / modifier les propriétés du groupes, notamment en terme de visibilité, public, protégé ou privé, et les pages et sous-pages d'accueils).

Au sein de ces groupes, plusieurs sections sont proposées de base (et l'administrateur peut choisir de ne pas en utiliser certaines, et peut également choisir de mettre certaines publiques ou privées) :

Blog, calendrier (pour enregistrer des événements intéressants pour le groupe avec possibilité de l'exporter vers d'autres calendriers comme google), collections (au sein d'un groupe, comme au sein d'un profil utilisateur, chaque membre peut créer une "collection" dans laquelle il enregistre les ressources d'intérêts), courses (des cours en e-learning proposés par le groupe), forum (espace d'échanges un peu informel), projets (les différents projets portés par le groupe et hébergés sur le hub CeSGO), ressources (de type cours, jeux de données, démo, documents, outils galaxy, slides de présentation, séminaires, matériel d'enseignement, tutoriaux, workshop), wiki (pour écrire des pages et sous-pages décrivant les actions du groupes par exemples), liste de souhaits (chaque personne du groupe peut utiliser cette fonctionnalité pour émettre un souhait du genre "ce serait super de pouvoir déployer un serveur Galaxy dédié à notre groupe" en y inscrivant l'effort que cela demanderait a priori et si ce souhait représente une priorité ou non, puis chaque membre du groupe peut étudier ce souhait et le valider ou non), citations (de référence bibliographiques entrées au format bibteX ou endnote web).

-Les Projets sont des espaces dédiés à la gestion de projets scientifiques. Ils peuvent petre rattachés ou non à un groupe particuliers. Si oui, l'ensemble des membres du groupe en question auront accès au contenu du projet. Sinon, il faut inviter des collaborateurs à rejoindre le projet. Au sein d'un projet, sont présentes les fonctionnalités suivantes: Fichiers permet de créer une arborescence de fichiers un peu comme sous Windows avec gestion des versions des fichiers (plus besoin de renommés les documents "document1_RD_v1.docx", il faut garder le même nom et les différentes versions seront directement sauvegardés et récupérables). Les fichiers a uploader doivent être inférieur à 100 Mo. Il s'agit donc d'un espace d'échange de "petits" fichiers comme des rapports, des synthèses d'analyse ou autre. Le quota initial est de 1Gb mais je peux les augmenter si besoin. A partir d'un fichier excel au format csv, il est possible de créer une base de données interrogeable par les membres du projet. Equipe permet d'afficher les différents membres du projet A faire est un espace sur lequel on peut créer des "TO-DO", avec une affectation à un membre du projet, une deadline et des commentaires et les ranger en listes de "TO-DO" Notes est un espace dans lequel on peut créer des notes et sous-notes pour par exemple décrire le projet puis les différentes parties du projets, les comtes-rendus de réunion ou les tests effectués. Publications représente un espace où l'on peut produire une publication à partir de matériel mis dans l'espace projet. Cela peut être utilisé pour écrire un data paper ou un article lié à une méthodologie par exemple.

Dans la section Discover du hub, se retrouve un peu les mêmes fonctionnalités proposées au sein d'un groupe mais ici sans appartenance à un groupe. Cet espace réunit notamment toutes les ressources publiques du hub.

Dans la section Data manager,se trouve des liens vers l'espace de stockage dédié aux gros fichiers (>100Mb) dans scientific data storage (nécessite un compte sur la plateforme Genouest (https://my.genouest.org/manager/index.html#/login) et des outils de gestion des données et métadonnées via ISAtools et BioInvIndex (nous donnons des formations sur cet aspect si besoin).

Dans la section Data analysis, se trouve des liens vers la plateforme Galaxy de GenOuest (nous donnons des formations sur cet aspect si besoin, nécessite un compte sur la plateforme Genouest (https://my.genouest.org/manager/index.html#/login), le cloud privé de GenOuest Genocloud (création de compte sur GenOuest puis sur genocloud : http://genocloud.genouest.org/wordpress/), notre nouveau système de soumission de jobs via virtualisation sous Docker GO-Docker, et notre plateforme de test de création de projet de sciences participative Scitizen.

Enfin, une section e-learning est aussi mise à disposition. Cet espace recensera les formations mises à disposition (notamment pour Galaxy et ISAtools) mais tout utilisateur du hub peut demander à être classé comme formateur et ainsi pouvoir créer ses propres formations.